Nasce nel 1771 quando Maria Teresa d'Austria manda a Pavia una collezione di reperti organici, che viene prima collocata al Collegio Ghisleri e nel 1775 trasferita nel palazzo centrale dell?università grazie all'intervento di Lazzaro Spallanzani (Collocazione decisamente più dignitosa!) (n.d.a.)Nel 1875, a seguito della Riforma Casati, il Museo viene diviso in varie sezioni:
-Sezione Zoologia: Direttore Pavesi
-Sezione di Anatomia Comparata: Direttore Maggi
-Sezione di geomineralogia: Direttore Taramelli.
Nei primi decenni del 1900 i musei si spengono a causa della mancanza di attenzione da parte sia del pubblic0 che delle autorità (spilorci) .
Nell'anno 1960 la maggior parte del materiale viene portato al Castello Visconteo di Pavia.
Intorno agli anni '90 con la creazione del centro Interdipartimentale dei Musei vengono organizzate mostre tematiche per promuovere le strutture e sensibilizzare opinione pubblica ed autorità.
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